研究室向け

研究室の学生の皆さんへ

以下には研究室のGitHub organizationのrepositoriesへのリンクや文書があります。 研究に使う情報やコード・データを整理整頓して他のメンバーと共有し、研究を進めることが目的です。 メンバーの人はGitHubの勉強も兼ねて積極的にCommit&Pushしてください。バージョン管理ですので間違ったCommitをしても大丈夫です。 不安がある人はまずYouTubeでGitHubとは何かを学んだり、 後藤先生の解説を読んだり、 渡邊先生のGitHub演習を読んだりしてから作業してください。 心配ならばCommit&Pushの代わりにPull Requestをしてくれれば教員がレビュー後にマージします。

  • テスト用のリポジトリ(test)があります。まずはそこで自由に遊んでください。
  • testリポジトリを git cloneしてみてください。
  • testリポジトリ内にディレクトリを新たに作成して、テキストファイルを適当に作り、git addして、commit・pushしてみてください。
  • Markdownの書き方を調べて README.md を作成してみましょう。作成したら、git addして、commit・pushしてみてください。README.md は作業ディレクトリ毎に作成します。そのディレクトリの案内役です。他のメンバーや2週間後の自分(2週間たてば現在の作業はすっかり忘れています！)のためを思って書きましょう。そのディレクトリですぐに作業できる情報を書くことを心がけましょう。

研究用リポジトリ

研究室生活

修論・卒論・学会

コンピュータ

教育用リポジトリ

  • tutorial_hmm 隠れマルコフモデルのチュートリアル
  • lecture_ML 講義「機械学習」の Colab notebooks
  • lecture_ML_julia 講義「機械学習」の notebooks (古いものでJuliaで書いてある)
  • lecture_OR 講義「オペレーションズリサーチ」の Colab notebooks
  • lecture_ode 微分方程式関連の講義の notebooks (Juliaで書いてある)

Repositories for published papers

  • protein G Correcting folding pathway of Protein G by integrative modeling with Markov state model
  • myosin V Hidden Markov Modeling of Myosin V Walking on Actin Filament using High-Speed Atomic Force Microscopy Data
  • capsid Explicit description of viral capsid subunit shapes by expanding dihedrons
  • differentiable_BTR End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images
  • paper_mbar Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation
  • paper_ogane2022 Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images
  • paper_higashida2021 Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering