MacOSでのインストール

OpenMPIのインストール

GENESISでは、プロセスを並列に複数走らせて、並列計算を行います。並列化されたプロセス間のデータのやりとりにMPIという仕組みを使いますので、MPI実装の一つであるOpenMPIを使います。MacOSでOpenMPIをコンパイルする手順は以下の通りです。

$ brew install automake wget
$ brew install gcc@11
$ wget https://download.open-mpi.org/release/open-mpi/v4.0/openmpi-4.0.5.tar.gz
$ tar zxvf openmpi-4.0.5.tar.gz
$ cd openmpi-4.0.5/
$ ./configure CC="$(brew --prefix)/bin/gcc-11" CXX="$(brew --prefix)/bin/g++-11" F77=gfortran FC=gfortran --enable-mpi-thread-multiple --prefix=/opt/openmpi-4.0.5
$ make
$ sudo make install

もしconfigureの際に以下のようなエラーが出たら、CommandLineToolsを再インストールします。

$ sudo rm -rf /Library/Developer/CommandLineTools
$ sudo xcode-select --install

コンパイルできたらインストールして環境変数PATHを設定します。

$ sudo ln -sf /opt/openmpi-4.0.5 /opt/openmpi

vimで ~/.zshrc の末尾に以下を追加

# openmpi
export PATH=/opt/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export DYLD_LIBRARY_PATH=/opt/openmpi/lib:$DYLD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=/opt/openmpi/share/man:$MANPATH
$ source ~/.zshrc

無事にインストールされてPATHが通っているか確認

$ which mpirun

GENESISのインストール

MacOSでGENESISをコンパイルする手順は以下の通りです。

$ wget --content-disposition "https://www.r-ccs.riken.jp/labs/cbrt/?smd_process_download=1&download_id=25561"
$ tar jxvf genesis-2.0.0.tar.bz2
$ cd genesis-2.0.0/
$ ./configure
$ make install

コンパイルできたらインストールして環境変数PATHを設定します。

$ cd ..
$ sudo mv genesis-2.0.0 /opt/
$ sudo ln -sf /opt/genesis-2.0.0 /opt/genesis

vimで ~/.zshrc の末尾に以下を追加

# genesis
export PATH=/opt/genesis/bin:$PATH

設定を反映

$ source ~/.zshrc

無事にインストールされてPATHが通っているか確認

$ which atdyn